¿Cómo llevar la facturación de un ecommerce?

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March 26, 2026
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Domina la facturación de tu ecommerce: descubre cómo centralizar y gestionar todas tus ventas online de forma eficiente para ahorrar tiempo y evitar errores fiscales.

Entre las múltiples ventas diarias, las diferentes pasarelas de pago, las devoluciones y las obligaciones fiscales, es fácil perder el control de la facturación de tu ecommerce y cometer errores. Este caos no solo te resta un tiempo valioso, sino que pone en riesgo la salud financiera de tu negocio. 

Por eso, saber cómo llevar la facturación de un ecommerce de forma eficiente es crucial. Aquí te mostramos cómo pasar del desorden a un sistema automatizado y fiable, centralizando toda tu información financiera y liberando tiempo para tareas más rentables.

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¿Por qué es importante facturar de forma correcta en un ecommerce?

Llevar una facturación ordenada no es solo una cuestión de cumplir con Hacienda, es la base sobre la que se asienta la salud financiera de cualquier negocio online. Cada factura emitida o recibida es el registro de un ingreso o un gasto y el conjunto de todas ellas permite obtener una imagen fiel del estado económico de la empresa.

Desde el punto de vista legal, la Agencia Tributaria exige que todo autónomo o empresa lleve un control exhaustivo de sus operaciones. En caso de inspección, la documentación debe estar disponible y ser coherente con los impuestos presentados. Las sanciones por no emitir facturas o hacerlo de forma incorrecta pueden ser significativas, tanto en forma de multas fijas como de recargos sobre la cuota defraudada.

Además, una facturación bien gestionada permite anticiparse a las obligaciones tributarias trimestrales, controlar el flujo de caja y evaluar la rentabilidad real del negocio. Sin este control, es difícil saber si tu ecommerce está generando beneficios reales o acumulando deudas silenciosas.

¿Cuándo estás obligado a emitir factura en tu e-commerce?

La regla general es clara: toda compraventa de productos o servicios, ya sea en un canal físico o digital, debe quedar documentada mediante una factura. Si tienes una tienda online, estás obligado a emitir una factura por cada operación que realices, tanto por los ingresos generados como por los gastos asociados a la actividad.

Desde 2015, la legislación que regula el comercio minorista obliga a las tiendas online a ofrecer factura electrónica a sus clientes, pero solo será necesario entregar una factura en soporte físico cuando el cliente lo solicite expresamente. 

Para poder emitir facturas electrónicas, es imprescindible contar con el consentimiento expreso del cliente, ya que este debe facilitar sus datos personales. Lo habitual es incluir esta aceptación dentro de las condiciones generales de compra que el usuario debe aceptar al finalizar el proceso de compra.

También existe la posibilidad de emitir facturas simplificadas (equivalentes al antiguo ticket) para ventas a particulares que no superen los 400 euros, aunque si el cliente lo solicita, siempre debe expedirse la factura completa.

Qué datos deben incluir las facturas de tu tienda online

Para que una factura electrónica sea válida ante la Agencia Tributaria, debe contener una serie de campos obligatorios. Omitir cualquiera de ellos puede invalidar el documento e implicar sanciones. Los datos imprescindibles son los siguientes:

  • Número y serie de la factura (la numeración debe ser correlativa y sin saltos).
  • Fecha de expedición y, si es diferente, fecha en que se realizó la operación.
  • Nombre y apellidos o razón social del emisor y del destinatario.
  • NIF (Número de Identificación Fiscal) del emisor y, cuando sea necesario, del destinatario.
  • Domicilio del emisor y del destinatario.
  • Descripción detallada de los productos o servicios adquiridos, incluyendo tanto el precio unitario como el importe total.
  • Tipo impositivo aplicado y cuota de IVA (Impuesto sobre el Valor Añadido) desglosada.
  • Importe total de la factura.

Cuando se trata de operaciones intracomunitarias o exportaciones, puede ser necesario incluir información adicional, como el número de IVA intracomunitario del cliente.

Cómo emitir facturas paso a paso en una tienda online

El proceso de emisión de facturas en un ecommerce puede simplificarse considerablemente si cuentas con las herramientas adecuadas, pero es importante conocer los pasos básicos:

  1. Registrarse como autónomo o constituir una sociedad. Antes de emitir la primera factura, debes estar dado de alta en la Agencia Tributaria y, si eres autónomo, también en la Seguridad Social.
  2. Elegir un sistema de numeración correlativa. Todas las facturas deben llevar un número que siga un orden consecutivo, sin saltos ni repeticiones, dentro de cada ejercicio o serie.
  3. Incluir en la factura todos los datos obligatorios.
  4. Aplicar el tipo de IVA correspondiente.
  5. Enviar la factura al cliente y conservar una copia en el archivo de la empresa.

Es obligatorio conservar todas las facturas durante al menos cuatro años, que es el período durante el cual la Agencia Tributaria puede requerir la documentación para verificar la coherencia entre los movimientos declarados y la actividad real del negocio.

¿Qué tipos de facturas puedes emitir?

En una tienda online, el tipo más habitual es la factura ordinaria o completa, el documento estándar que debe emitirse en la mayoría de las operaciones. Incluye todos los datos obligatorios y es válida tanto para ventas a particulares como a empresas o profesionales.

Además, se pueden emitir facturas simplificadas, que equivalen al antiguo tique y pueden utilizarse en ventas al por menor a consumidores finales cuando el importe no supere los 400 euros (o los 3.000 euros si el destinatario lo solicita así). No es válida para operaciones intracomunitarias ni para clientes que necesiten deducirse el IVA.

Finalmente, si es necesario corregir un error en una factura anterior, ya sea en los datos del cliente, el importe o el IVA aplicado, debe emitirse una factura rectificativa, que debe hacer referencia expresa a la factura original que rectifica.

Cómo aplicar el IVA en el comercio online

La aplicación del IVA en el comercio electrónico depende fundamentalmente de dónde reside el comprador y de si se trata de un particular o de una empresa. Este principio se conoce como la regla de localización del IVA.

Las facturas emitidas a residentes en España (península y Baleares) siempre incluyen IVA. El tipo aplicable varía según el producto: el tipo general es del 21%, el reducido del 10% (aplicable, por ejemplo, a ciertos alimentos o transporte) y el superreducido del 4% (para libros, medicamentos o productos de primera necesidad).

Las ventas a Canarias, Ceuta y Melilla se tratan como exportaciones, por lo que las facturas se emiten sin IVA. En destino, se aplica el IGIC (Impuesto General Indirecto Canario) o el IPSI (Impuesto sobre la Producción, los Servicios y la Importación), según corresponda.

En el caso de ventas a particulares en la Unión Europea, las facturas llevan el IVA correspondiente al tipo aplicable en el país de destino. Existe un umbral de ventas (10.000 euros anuales al conjunto de la UE) por debajo del cual se puede aplicar el IVA español, pero una vez superado, es obligatorio liquidar el impuesto en cada país o utilizar el sistema de ventanilla única (OSS).

Las operaciones entre empresas de distintos estados miembros se consideran operaciones intracomunitarias y están exentas de IVA. Para aplicar esta exención, el cliente debe proporcionar un número de IVA intracomunitario válido, que puede verificarse en el registro VIES (VAT Information Exchange System) de la Comisión Europea.

Finalmente, en el caso de ventas a países fuera de la UE las facturas no llevan IVA, ya que se trata de exportaciones.

Otros impuestos en el comercio electrónico

Más allá del IVA, un ecommerce debe hacer frente a otros impuestos que varían en función de si se opera como autónomo o como sociedad.

Impuestos como autónomo

Los autónomos que gestionan una tienda online tienen la obligación de presentar de forma trimestral los siguientes modelos tributarios:

  • Modelo 303: autoliquidación del IVA trimestral. Al final del ejercicio, se presenta el resumen anual mediante el modelo 390.
  • Modelo 130: pago fraccionado a cuenta del IRPF (Impuesto sobre la Renta de las Personas Físicas).
  • Modelo 111: declaración de retenciones practicadas a trabajadores o profesionales. El resumen anual se presenta con el modelo 190.
  • Modelo 115: liquidación de retenciones por alquileres, si los hubiera. El resumen anual es el modelo 180.
  • Modelo 349: declaración recapitulativa de operaciones intracomunitarias, si se realizan ventas o adquisiciones dentro de la UE.
  • Modelo 347: declaración anual de operaciones con terceros cuando el volumen de operaciones con un mismo cliente o proveedor supera los 3.005,06 euros en el año.

Impuestos como empresa

Las sociedades mercantiles que gestionan un ecommerce comparten algunas de estas obligaciones con los autónomos, pero añaden otras específicas:

  • Modelo 202: pago fraccionado trimestral del Impuesto sobre Sociedades.
  • Modelo 200: declaración anual del Impuesto sobre Sociedades. Las empresas no residentes con presencia en territorio español presentan el modelo 200 para declarar sus rentas obtenidas en España.
  • Los modelos 303, 111, 115 y 349 también son de aplicación para las sociedades, en los mismos términos que para los autónomos.

Ventajas de utilizar un software de facturación online

Gestionar manualmente la facturación de un ecommerce es una tarea que consume mucho tiempo y está expuesta a errores humanos. Un software de facturación online integrado con la tienda online automatiza buena parte de estos procesos y aporta una serie de ventajas concretas:

  • El cliente recibe la factura de forma automática en el momento de la compra, sin intervención manual.
  • La numeración correlativa de las facturas se genera de forma automática, eliminando el riesgo de duplicidades o saltos en la serie.
  • La fecha de expedición se registra automáticamente, lo que garantiza la trazabilidad de cada operación.
  • Es posible obtener informes de facturación, ventas e impuestos en tiempo real con un solo clic, lo que facilita la toma de decisiones y la preparación de las declaraciones trimestrales.
  • El sistema opera de forma ininterrumpida, lo que es especialmente relevante para tiendas que venden a distintos husos horarios.
  • La información queda centralizada y accesible desde cualquier dispositivo, lo que facilita la colaboración con gestores o asesores fiscales.

Contar con una herramienta de gestión que centralice la facturación, la contabilidad y los impuestos en un único entorno reduce significativamente la carga administrativa y el riesgo de cometer errores que puedan derivar en sanciones.

Con Holded, puedes gestionar la facturación de tu ecommerce junto con el resto de áreas de tu negocio (contabilidad, inventario o tesorería, entre otros) desde una única plataforma en la nube, adaptada a las necesidades de autónomos y pymes.

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