¿Cuál es el mejor programa de facturación para autónomos?

Un programa de facturación para autónomos es un software que centraliza y automatiza la emisión, el envío y el registro de tus facturas, además de la información de clientes y proveedores. Sustituye el trabajo manual por un sistema que calcula impuestos, evita errores y te ayuda a cumplir con la normativa fiscal.

Si eres autónomo o tienes una pequeña empresa, elegir bien esta herramienta te ahorra horas cada mes y te prepara para la factura electrónica y para el sistema Verifactu. El problema es que hay decenas de opciones y no todas encajan con el mismo perfil.

Para ayudarte a decidir, hemos reunido los nueve programas más relevantes del mercado. Empezamos con una recomendación rápida según tu perfil y después los analizamos uno a uno, con sus funciones, precios, ventajas y límites.

Programas de facturación recomendados según tu perfil

Acertar con el programa de facturación adecuado depende de cuánto factures, si vendes online o si necesitas ayuda fiscal. Estas son nuestras recomendaciones por tipo de autónomo:

• Si quieres gestionar todo el negocio en una sola herramienta: Holded, que integra facturación, contabilidad, CRM, inventario y proyectos en la misma plataforma.
• Si vendes online (ecommerce): Holded o Keyandcloud, por sus integraciones con Shopify, WooCommerce, PrestaShop y Amazon.
• Si necesitas la asesoría de un gestor fiscal real: Declarando, que combina el software con una gestoría online.
• Si facturas poco y buscas un plan gratuito permanente: ContaSimple, Keyandcloud o Invoicely.
• Si tu prioridad es el precio de entrada más bajo: BitFactura, desde 4,99 €/mes.
• Si facturas a la Administración Pública (FACe, Peppol): B2Brouter, especializado en facturación electrónica entre redes.
• Si buscas un ERP modular que escale por apps: Odoo, o Holded como alternativa todo en uno.
• Si trabajas con clientes internacionales y multidivisa: Invoicely, BitFactura o QuickBooks.

¿Cómo hemos seleccionado estos programas de facturación?

Para elaborar esta comparativa hemos analizado la información oficial de cada producto y probado sus funciones reales de facturación. El criterio más importante que hemos aplicado es el cumplimiento normativo, la adaptación a Verifactu y a la factura electrónica en España.

Además, hemos analizado las funciones de facturación (facturas recurrentes, personalización, seguimiento de cobros y cálculo de impuestos) y la experiencia de uso, especialmente en lo que se refiere a facilidad de aprendizaje, disponibilidad de app móvil y prueba gratuita.

También hemos tenido en cuenta la escalabilidad y las integraciones disponibles con bancos, ecommerce y otros módulos de gestión. Finalmente, pero no por ello menos importante, te damos toda la información sobre los precios de cada opción, incluyendo el coste real del plan de entrada y qué incluye cada tarifa.

Con estos filtros hemos priorizado programas útiles para distintos perfiles de autónomo, desde quien emite pocas facturas al mes hasta quien necesita una solución completa de gestión.

Tabla comparativa de los mejores programas de facturación

De un vistazo, así quedan los nueve programas según instalación, app, particularidad, plan más económico y prueba gratuita:

Los 9 mejores programas de facturación para autónomos

A continuación analizamos cada programa en detalle: qué lo caracteriza, sus funciones principales, sus puntos fuertes y en qué casos conviene. Empezamos por Holded y seguimos con el resto de opciones.

1. Holded

Holded es un ERP en la nube que reúne facturación, contabilidad, CRM, inventario, proyectos y RR. HH. en una sola plataforma. Está pensado para autónomos y pymes que quieren dejar de saltar entre herramientas y centralizar la gestión de su negocio.

Incluye facturación adaptada a la normativa española, sincronización con más de 300 bancos e integraciones con las principales plataformas de ecommerce. Ofrece una prueba gratuita de 14 días sin necesidad de tarjeta.

Facturación adaptada a la normativa

Holded permite crear todo tipo de facturas, personalizarlas con tu identidad y programar su envío. Está preparado para la facturación electrónica y para el sistema Verifactu, de modo que emites y registras tus documentos cumpliendo con la Agencia Tributaria.

Contabilidad y conciliación bancaria automática

Registra ventas y compras y genera los asientos de forma automática. La conciliación bancaria conecta tus movimientos con las facturas para que tengas el libro diario siempre al día sin trabajo manual.

CRM, inventario y proyectos integrados

Al vivir todo en la misma base de datos, tus facturas, clientes, stock y proyectos están conectados. Consultas el histórico de cada cliente y controlas los productos más rentables sin exportar datos entre programas.

Automatización de tareas recurrentes

Automatiza facturas periódicas, recordatorios de pago y conciliación, lo que reduce errores y libera tiempo. Es una de las funciones que más valoran los autónomos con clientes habituales.

Integraciones con ecommerce y bancos

Conecta con plataformas de ecommerce como Shopify, WooCommerce, PrestaShop y Amazon, además de con más de 300 bancos, para sincronizar ventas y cobros de forma automática.

2. Declarando

Declarando combina un software de facturación con la asesoría fiscal de un gestor humano (gestoría online), algo que lo diferencia de los programas de facturación puros.

Características positivas

• Asesor fiscal humano incluido en los planes de asesoría
• Simulador de IRPF y recomendador de gastos deducibles integrados
• Facturación electrónica compatible con Verifactu en todos los planes
• Garantía de ahorro fiscal en los planes Pro y Premium

Limitaciones a tener en cuenta

• El plan de facturación más económico limita los gastos deducibles a 5 al mes
• La app móvil solo cubre la captura de gastos, no la facturación completa

Buena opción si eres autónomo y quieres delegar la parte fiscal en un gestor real sin renunciar a un software de facturación.

3. BitFactura

BitFactura es un programa de facturación en la nube centrado en la sencillez, con planes segmentados por el número de envíos Verifactu que necesitas al mes.

Características positivas

• Interfaz intuitiva y curva de aprendizaje corta
• Soporte multidioma y multimoneda con conversión automática
• Emisión de facturas en unos 30 segundos, con cinco estados de seguimiento
• Documentos ilimitados desde el plan básico

Limitaciones a tener en cuenta

• Personalización de plantillas limitada
• Sin informes desglosados por producto o cliente
• El plan gratuito solo permite 3 documentos al mes

Interesante si facturas poco volumen y valoras la rapidez y la simplicidad por encima de los informes avanzados.

4. Odoo

Odoo no es un programa de facturación aislado, sino un ERP modular con más de 30 apps que comparten una misma base de datos. Su módulo de facturación cubre lo que necesita la mayoría de autónomos y pymes.

Características positivas

• Integración nativa entre facturación y otros módulos (CRM, inventario, ventas)
• Alta modularidad: activas solo las apps que necesitas y escalas después
• Automatización de conciliación bancaria, aprobaciones y tesorería
• Compatible con Verifactu desde Odoo Enterprise 17 y todas las versiones 18

Limitaciones a tener en cuenta

• La implementación suele requerir apoyo técnico o un partner
• Curva de aprendizaje más pronunciada que en soluciones centradas solo en facturación
• El coste crece a medida que añades apps y usuarios

Buena elección si prevés escalar y quieres un ERP flexible que vaya más allá de la facturación.

5. ContaSimple

ContaSimple es un software de facturación y contabilidad con Verifactu integrado de serie en los planes de pago, respaldado por la infraestructura de Cegid.

Características positivas

• Interfaz simple e intuitiva
• Conciliación bancaria automática
• Gestión de modelos fiscales (303, 130, 115) con alertas
• Seguimiento de cobros y registro de gastos sencillo

Limitaciones a tener en cuenta

• No genera balance de situación, solo cuenta de pérdidas y ganancias
• El plan gratuito se limita a 12 documentos al año y 5 productos

Adecuado si quieres cubrir la facturación y los modelos fiscales básicos sin depender de un asesor.

6. Invoicely

Invoicely es un software de facturación orientado al mercado internacional que permite gestionar varias unidades de negocio bajo una misma cuenta, incluso en su plan gratuito.

Características positivas

• Interfaz muy intuitiva
• Personalización de facturas con marca propia
• Seguimiento de tiempo y gastos para facturación por horas
• Informes financieros por periodos (diario, semanal, mensual y anual)

Limitaciones a tener en cuenta

• No está adaptado a la fiscalidad española (Verifactu, modelos de la AEAT)
• El plan gratuito limita a 5 facturas al mes, 3 clientes y cobro solo por PayPal
• Los precios y los cobros se gestionan en dólares

Opción a considerar si trabajas con clientes internacionales y no necesitas cumplimiento fiscal español.

7. Keyandcloud

Keyandcloud pone el cumplimiento de Verifactu en el centro de su propuesta y ofrece un plan reducido pensado para autónomos con poco volumen de facturas.

Características positivas

• Plan gratuito permanente (no solo prueba) con 5 facturas al mes
• Verifactu integrado de serie
• OCR para escanear tickets de gastos
• Integraciones con WooCommerce, PrestaShop y Amazon, y exportación compatible con Sage y A3
• Sin permanencia y 20 % de descuento en el pago anual

Limitaciones a tener en cuenta

• No dispone de app nativa: el uso móvil es a través del navegador
• Los usuarios y las empresas adicionales tienen coste extra

Buena opción si facturas poco y tu prioridad es cumplir con Verifactu sin coste inicial.

8. B2Brouter

B2Brouter funciona como un router de facturación electrónica que conecta múltiples redes y formatos (FACe, Peppol, EDI) en una sola plataforma, con acceso mediante API.

Características positivas

• Envío directo de facturas electrónicas a FACe (Administración Pública)
• Conecta redes y formatos como Peppol, EDI y redes privadas
• Base de datos de clientes y proveedores con histórico y estado
• Plan gratuito permanente

Limitaciones a tener en cuenta

• El plan Basic se limita a 10 contactos y 24 transacciones al año
• No gestiona la presentación de IVA e IRPF: está enfocado en el envío de facturas
• Pensado para volumen: resulta poco rentable si facturas poco

Ideal si facturas a la Administración Pública o necesitas enviar facturas por redes como FACe o Peppol.

9. QuickBooks

QuickBooks combina IA integrada con uno de los mayores ecosistemas de integraciones del sector, aunque no dispone de versión ni soporte fiscal nativo para España.

Características positivas

• 100 % en la nube, con sincronización entre app móvil y navegador
• Conexión bancaria con categorización automática
• Informes financieros en tiempo real (pérdidas y ganancias, flujo de caja, balance)
• Amplio catálogo de integraciones de terceros

Limitaciones a tener en cuenta

• No tiene página de precios ni venta localizada para España
• No permite presentar el modelo 303 de IVA español desde la plataforma
• No cuenta con adaptación nativa a Verifactu
• El coste escala rápido al añadir usuarios o funciones avanzadas

Puede encajar si operas principalmente fuera de España o con clientes internacionales.

¿Qué debes valorar antes de elegir tu programa de facturación?

Más allá del precio, hay varios aspectos que marcan la diferencia entre un programa que te ahorra tiempo y otro que se te queda corto en unos meses. Estos son los más importantes:

• Cumplimiento de Verifactu: asegúrate de que el software está adaptado al sistema y a la factura electrónica.
• Funciones de facturación: facturas recurrentes, personalización, presupuestos y seguimiento de cobros.
• Automatización de impuestos: que calcule el IVA y el IRPF y te ayude con los modelos fiscales.
• App móvil: poder facturar y consultar tus datos desde cualquier dispositivo.
• Integraciones: conexión con tu banco, tu ecommerce y otras herramientas de gestión.
• Precio real y escalabilidad: qué incluye el plan de entrada y cuánto sube al añadir usuarios o módulos.

Verifactu y la factura electrónica: qué cambia para los autónomos

La normativa fiscal es hoy el factor que más condiciona la elección de un programa de facturación. Conviene tener claras las fechas y qué implica cada cambio antes de decidir.

¿Cuándo será obligatorio Verifactu?

Verifactu se aplazó con el Real Decreto-ley 15/2025 y será obligatorio desde el 1 de enero de 2027 para las empresas sujetas al Impuesto sobre Sociedades y desde el 1 de julio de 2027 para los autónomos y profesionales.

Durante 2026 su uso es voluntario, un periodo de preparación. Los desarrolladores de software, en cambio, deben tener sus sistemas adaptados desde el 29 de julio de 2025.

¿Qué es la factura electrónica?

La factura electrónica es un documento digital con la misma validez legal que una en papel, que se emite y recibe en formato digital estructurado. Con la Ley Crea y Crece, su uso se extenderá a todas las empresas y autónomos, por lo que elegir un programa compatible te evita tener que cambiar de herramienta más adelante.

¿Cuánto cuesta un programa de facturación para autónomos?

El precio varía mucho según tus necesidades. Hay opciones gratuitas para quien emite pocas facturas, aunque suelen ser muy básicas, y planes de pago que arrancan en torno a los 5 €/mes y suben a medida que añades contabilidad, usuarios o módulos. La mayoría ofrecen una prueba gratuita para que valores si encajan antes de pagar.

Más que en el coste, es interesante fijarse en cuánto te ahorra: automatizar la facturación reduce el tiempo de gestión y el gasto en apoyo administrativo. Si además el programa te ayuda con el IVA y el IRPF y con tu cuota de autónomos, el ahorro se nota cada trimestre.