¿Cuándo y cómo hacer una factura rectificativa por diferencias?

Si eres autónomo, seguramente más de una vez has enviado una factura y después has pensado “¡Uy, me he equivocado!”. Que si te has confundido con el importe, que si los datos del cliente no están bien, o que se te ha olvidado incluir algún concepto… Vamos, que errores los cometemos todos.

La buena noticia es que meterte en un lío por esto tiene fácil solución. No hace falta entrar en pánico ni empezar a anular facturas como si no hubiera un mañana. La clave está en emitir una factura rectificativa por diferencias, que es como el “ctrl+z” del mundo fiscal, pero hecho como Dios manda.

Este tipo de documento te permite ajustar esos pequeños errores de la factura original sin tener que tirarla a la papelera y empezar de cero. Menos drama, menos papeleo y, sobre todo, menos dolores de cabeza con Hacienda.

Te vamos a explicar qué es exactamente una factura rectificativa por diferencias, cuándo necesitas echar mano de ella como autónomo, los pasos que tienes que seguir para crearla sin meter la pata, y un ejemplo práctico que te va a aclarar todo para que puedas aplicarlo en tu día a día sin complicaciones.

¿Qué entendemos por factura rectificativa por diferencias?

Una factura rectificativa por diferencias es un documento fiscal que se emite con el principal objetivo de corregir el importe de una factura que ya se ha emitido. Este tipo de rectificación no sustituye por completo la factura original, sino que la complementa ajustando los valores económicos, ya sea añadiendo o restando cantidades, según corresponda.

A diferencia de otros tipos de facturas rectificativas, como las facturas rectificativas por sustitución, las facturas por diferencias se centran exclusivamente en corregir errores de cálculo, aplicar descuentos no incluidos o añadir conceptos omitidos.
Por tanto, pueden ser de carácter positivo o negativo, en función de si aumentan o reducen el importe original.

Factura rectificativa por diferencia positiva

Se habla de una factura rectificativa positiva cuando la rectificación supone un incremento en el importe total respecto a la factura original. Esto puede deberse, por ejemplo, a la omisión de un producto o servicio en la factura inicial o a un cálculo erróneo en el precio o en los impuestos aplicados.

Este tipo de factura permite añadir el importe adicional sin necesidad de anular la factura anterior, siempre que se incluya una referencia clara del documento que corregimos.

Factura rectificativa por diferencia negativa

Por el contrario, una factura rectificativa negativa se utiliza cuando el importe total debe reducirse respecto al documento original. Es común en casos de descuentos mal aplicados, devoluciones de productos o errores que inflaron el importe final.

En ambos casos, es fundamental que la factura rectificativa indique claramente cuál es la factura a la que hace referencia y el motivo de la corrección, para asegurar la trazabilidad contable y fiscal.

¿Cuándo hay que emitir una factura rectificativa por diferencia?

Es importante saber cómo usar una factura rectificativa y cuándo emplearla. La factura rectificativa por diferencias tiene que emitirse siempre que se detecte un error en el importe total de una factura ya enviada, sin que sea necesario reemplazar el documento original por completo.
Algunas situaciones en las que es apropiado utilizar este tipo de factura son:

• Se te ha olvidado incluir un producto o servicio en la factura original.
• Has aplicado mal los descuentos, incrementando o disminuyendo indebidamente el total.
• Has calculado incorrectamente el IVA u otros impuestos.
• Detectas una diferencia entre el importe facturado y el acordado con el cliente.
• Necesitas reflejar una devolución parcial que afecta al importe total.

El plazo para emitir una factura rectificativa está regulado por el artículo 15 del Reglamento de facturación y debe hacerse tan pronto como se identifique el error. Además, es importante que se emita antes del 30 de enero del año siguiente si afecta a ejercicios fiscales anteriores.

¿Qué datos debo incluir en una factura rectificativa por diferencias?

Una factura rectificativa por diferencias debe contener una serie de datos obligatorios que permitan identificar tanto la factura original como la naturaleza del ajuste realizado. Estos requisitos están definidos en el Reglamento de facturación y deben cumplirse para que el documento tenga validez legal y contable.

Vamos a ver cuáles son los elementos imprescindibles que tienen que contener las facturas rectificativas por diferencias:

• Número y serie de la factura rectificativa por diferencias: debe seguir una numeración independiente y específica para este tipo de documentos.
• Referencia a la factura original: se debe incluir el número y fecha de emisión del documento corregido.
• Motivo de la rectificación: explicación breve y clara del error que se está corrigiendo.
• Importe rectificado: debe indicarse la cantidad ajustada, ya sea en positivo o negativo.
• Datos del emisor y receptor: nombre o razón social, NIF y dirección fiscal.
• Fecha de emisión de la factura rectificativa por diferencias.
• Base imponible, tipo impositivo y cuota del IVA corregidos según corresponda.

Cumplir con todos estos requisitos no solo asegura la validez de la factura, sino que también va a facilitar su gestión en los sistemas de contabilidad y facturación.

Cómo hacer una factura rectificativa por diferencias paso a paso

Emitir una factura rectificativa por diferencias correctamente es clave para mantener una contabilidad ordenada y cumplir con las obligaciones fiscales. Pero, ¿cómo se contabiliza una factura rectificativa? Vamos a ver todos los pasos que debes seguir para crear la factura rectificativa por diferencias de forma precisa y eficaz.

Crea una nueva factura rectificativa por diferencias

Lo primero es acceder a tu software de facturación, como puede ser Holded, y seleccionar la opción correspondiente para generar una factura rectificativa. Esta debe tener su propia serie y numeración independiente de las facturas ordinarias, como exige la normativa.

Asegúrate de que estás seleccionando la opción de rectificación por diferencias, y no por sustitución, ya que el objetivo es modificar únicamente el importe, sin reemplazar por completo la factura anterior.

Identifica la factura de origen a rectificar

En la nueva factura rectificativa por diferencia, es imprescindible que indiques a qué factura hace referencia la corrección. Esto se realiza incluyendo el número y la fecha de emisión del documento original. Esta referencia directa garantiza la trazabilidad y evita posibles conflictos en la contabilidad.

Incluye los datos obligatorios de la factura de origen

Además de identificar la factura rectificada por diferencias, debes incluir todos los datos del emisor y receptor, el motivo de la rectificación y el detalle de los importes que estás modificando. Si el cambio afecta al IVA, asegúrate de recalcular correctamente las bases imponibles y las cuotas correspondientes.

Soluciona el error con base positiva o negativa

Aquí es donde debes indicar si la diferencia es a favor del emisor o del cliente.
Si estás sumando un importe omitido, estarás generando una factura rectificativa positiva. Si, por el contrario, estás devolviendo un importe o corrigiendo un exceso, será una factura rectificativa negativa.

Recuerda que la suma o resta debe reflejarse con claridad en los importes, y que el resultado total debe coincidir con el ajuste que necesitas realizar.

Ejemplo de factura rectificativa por diferencia

Imaginemos que un autónomo o una empresa emite la siguiente factura original a un cliente:

Factura original:

• Nº: F-2025-103
• Fecha: 05/03/2025
• Concepto: Servicios de consultoría
• Base imponible: 1.000 €
• IVA (21%): 210 €
• Total: 1.210 €

Después de enviar la factura, el emisor detecta que no ha incluido un cargo adicional por horas extra de trabajo por valor de 200 €, más su correspondiente IVA. En este caso, debe emitir una factura rectificativa por diferencia positiva, ya que el importe debe incrementarse.

Factura rectificativa por diferencias:

• Nº: FRD-2025-005
• Fecha: 13/05/2025
• Referencia: Factura F-2025-103 de fecha 05/03/2025
• Motivo: Omisión de cargo adicional por horas extra
• Base imponible rectificada: +200 €
• IVA (21%): +42 €
• Total rectificado: +242 €

Este documento complementa la factura original, sin anularla, y permite al cliente contabilizar correctamente el importe total recibido por los servicios prestados.